Термическая обработка. Существует два способа, с помощью которых проводится обработка субстрата: стерильный инестерильный.
Стерильный способ. Интенсивное культивирование вешенки начинали с применения стерильного способа, который был запатетован в 1966 году. Суть его в том, что на увлажненный субстрат действуют высокими температурами и давлением, благодаря чему погибает всямикрофлора. Температура при стерилизации достигает 120 •С, а давление —1.5 атм. Продолжительность стерилизации занимает не более трех часов. После охлаждения в субстрат вносят мицелий.
Стерильный способ дает отличные результаты, но широко не применяется из-за Высокой стоимости, необходимости применения специального оборудования автоклавов и подерживания стерильности на последующих этапах культивирования. Этот способ применяется в основном для производства посевного мицелия и проведения лабораторных экспериментов.
Нестерильный способ. Нестерильный способ более доступен и имеет множество вариантов. В зависимости от имеющихся у вас возможностей можно осуществлять любой из них.
ферментация — это процесс, при котором субстрат одновременно обрабатывают теплом и свежим воздухом. Температуру субстрата стараются быстро поднять до уровня 60—70 С и выдерживают в течение 8—12 ч. При данной температуре происходит пастерлизация субстрата. далее следует постепенное охлаждение субстратадё 45 С в течение 48—72 ч. Этот процесс называется конденсированием.
Во время проведения ферментации влажность субстрата должна быть в пределах 70—80%. Если влажность будет выше, то активизируется деятельность гнилостных микроорганизмов, для существования которых не нужен кислород. Если же влажность будет ниже, то из-за недостатка влаги эффективность ферментации снизится. За время ферментации в субстрате развивается микрофлора, выделяющая в среду вещества антибиотического действия, благодаря которым тормозится рост конкурентов вешенки, а сама она на таком субстрате отлично развивается.
Температуру субстрата регулируют с помощью пара и воздуха. Свежий воздух подается через бактериальный фильтр. После окончания ферментации субстратдоводят до температуры 25—28 С, используя принудительное воздушное охлаждение  Естественное охлаждение может вызвать развитие посторонней микрофлоры. 
При ферментации потери сухой массы составляют 8—15%. Температура при ферментации не должна превышать 70 С, что создает условия для развития защитной микрофлоры и подавления нежелательной. для различных субстратов подбирают различные температурные и временные режимы обработки. Так, исследования ученых-микологов показали, что оптимальным временем ферментации при 60 С для соломы элаков и стержней кукурузы являются 48 ч, для буковых опилок и соломы риса —72 ч, для березовых и ольховых опилок —96 ч.
Обработку субстрата при ферментации проводят, раскладывая его в емкости (пластмассовые ящики, контейнеры, блоки), в которых затем будет происходить рост и развитие грибницы. Ферментация проводится в специальных камерах (рис.).
Камера представляет собой продолговатое помещёние шириной 2,5—5 м, потолок и пол которого снабжены вларонепроницаемым покрытием, с расположенной в торце дверью. В потолке камеры размещают вентиляционные отверстия для
поступления свежего воздуха и удаления использованного. На высоте 30—50 см от пола размещают решетку, на которую укладывают субстрат. Щели в решетке должны составлять 20— 30% ёт общей площади пола. Пространство между верхней и нижней частями камеры соединяется термически изолированным воздуховодом, расположенным снаружи камеры. Внизу воздуховода имеется мощный центробежный вентилятор, перекачивающий 150—200 мЗ воздуха в час на 1 м3 субстрата. Пар подается от парогенератора и его поступление регулируется
клапаном подачи пара. 
Субстрат укладывают не трамбуя. Высота укладки 1,8—2 м. Высокий слой влажного субстрата начинает самонагреваться, а подача пара под решетку ускоряет этот процесс. Одновременно с подачей пара начинают его рециркуляцию. Когда температура достигнет 60 С, приоткрывают клапан подачи свежего воздуха чтобы субстрат не перегрелся и содержание CO2 в нем не превышало норму. Выдержав в камере температуру 57—60 С в течение 8—12 ч путем подачи большего количества свежего воздуха, приступают к ее снижению.